Das Themenverzeichnis spiegelt die in der Kartenansicht enthaltenen Dienste und Themen wider. Diese sind in einer hierarchischen Struktur angeordnet, wobei Dienste (und die darin enthaltenen Themen) in Ordner sortiert sind.
Das Themenverzeichnis besitzt demnach drei Ebenen:
Diese Hierarchie macht sich beim Ein-/Ausschalten von Diensten bzw. Themen bemerkbar. Die Karte besteht aus mehreren Schichten (Layer, Themen) welche übereinander liegen und ein- und ausgeschaltet werden können. Es kann vorkommen dass einzelne Themen, insbesondere flächenhafte Themen wie z.B. Talsperren, andere überdecken. Die Animation auf der FluGGS Startseite verdeutlicht das Prinzip - dazu genügt es mit dem Mauscursor die Themennamen zu überfahren.
Wird zum Beispiel ein Dienst ausgeschaltet, werden alle darunter liegenden Themen (nach Betätigung der Schaltfläche „Karte aktualisieren“) in der Kartenansicht nicht angezeigt, obwohl die Themen angeschaltet sind. Das Ein-/Ausschalten von Diensten bzw. Themen korrespondiert also mit dem Kartenbild. Ebenso werden die Themen im Kartenbild in Abhängigkeit der Anordnung der Dienste/Themen dargestellt. Was im Themenverzeichnis an unterster Position steht, wird auch im Kartenbild ganz unten dargestellt.
Die voreingestellte Themen-Reihenfolge des FluGGS reicht in den meisten Fällen für eine Bearbeitung aus. Deshalb ist ein Verschieben der Ordner/Dienste/Themen bzw. Ein-/Ausschalten von Diensten überwiegend nicht notwendig – dennoch ist dies aber nach Belieben möglich.
Das FluGGS bietet dem Anwender im Themenverzeichnis über Kontextmenüs verschiedene Funktionen zu den eingeladenen Diensten bzw. Themen an.
Das Kontextmenü wird durch einen Mausklick auf das Symbol 
vor dem Ordner-, Dienst- bzw. Themennamen geöffnet. Der Inhalt dieses Menüs ist abhängig von der Konfiguration des FluGGS und der Ebene (Ordner, Dienst oder Thema).
Der Anwender hat innerhalb des Kontextmenüs, abhängig von der Ebene bzw. dem Dienste-Typ, folgende Möglichkeiten:
Ordner verschieben (nach oben, nach unten verschieben)
Dienst verschieben (nach oben, nach unten, in Ordner verschieben)
Thema verschieben (nach oben, nach unten verschieben)
Im Folgenden werden die Kontextmenüs für die drei Ordnungsebenen besprochen und sonstige Funktionen für Ordner, Dienste und Themen vorgestellt.
Ordner sind ein Mittel zur Strukturierung von Diensten und ihren enthaltenen Themen. Sie können einen oder mehrere Dienste enthalten.
Der Anwender besitzt die Möglichkeit die Ordner zu schließen bzw. zu öffnen (Schaltflächen: 
bzw. 
). Bei einem geschlossenen Ordner wird nur der Ordnername angezeigt, wenn ein Ordner hingegen geöffnet ist, werden auch alle enthaltenen Dienste angezeigt.
Die vorkonfigurierten Ordner können über die entsprechenden Funktionen in ihrer Reihenfolge verändert werden. Das Ändern der Ordner-Reihenfolge hat eine Aktualisierung der Kartenansicht zur Folge, welche erst nach Betätigung der Schaltfläche „Karte aktualisieren“ sichtbar wird.
Dienste enthalten die zur untersten Ordnungsebene gehörenden Themen.
Um die generelle Sichtbarkeit von Diensten definieren zu können, sind vor den Dienstnamen Auswahlboxen 
. Um die Inhalte der darin enthaltenen Themen in der Karte zu visualisieren, muss das Häkchen in der Auswahlbox gesetzt werden, d.h. der Dienst sichtbar geschaltet werden und anschließend „Karte aktualisieren“ gedrückt werden.
Der Anwender hat die Möglichkeit die Dienste zu schließen bzw. zu öffnen (Schaltflächen: bzw. ). Bei einem geschlossenen Dienst wird nur der Dienstname angezeigt. Wenn ein Dienst hingegen geöffnet ist, werden auch alle enthaltenen Themen angezeigt.
Dienste können mit Hilfe dieser Funktionen nach oben bzw. unten verschoben werden. Das Ändern der Dienst-Reihenfolge hat eine Anpassung der Kartenansicht zur Folge, welche erst nach Betätigung der Schaltfläche „Karte aktualisieren“ sichtbar wird. Befindet sich der Dienst an oberster Position innerhalb eines Ordners, ist die Option „Nach oben schieben“ ausgegraut (inaktiv). Dasselbe gilt im umgekehrten Fall für die unterste Position.
Ein Dienst kann in einen Ordner verschoben werden. Der Anwender wählt diese Funktion aus und erhält einen Dialog (neues Fenster), in dem der Ordner, in den der Dienst geschoben werden soll, ausgewählt wird. Die Kartenansicht ist zu aktualisieren.
Die Auswahl der Ordner erstreckt sich über die vorkonfigurierten Ordner und den so genannten „Root“. Dieser gibt an, dass der Dienst in die oberste Hierarchieebene verschoben werden kann. Der Dienst wird in diesem Fall keinem Ordner zugeordnet.
Soll ein Dienst aus dem Themenverzeichnis entfernt werden, so muss die Funktion „Löschen“ des Kontextmenüs ausgeführt/ausgewählt werden.
Nach Betätigen der Schaltfläche wird der Dienst aus dem Themenverzeichnis entfernt. Um die Karte entsprechend anzupassen, muss die Schaltfläche "Karte aktualisieren" gedrückt werden.
Werden Dienste in das FluGGS hinzu geladen und der aktuelle Kartenausschnitt entspricht nicht dem gewünschten Raumausschnitt, so kann auf den gesamten Bereich der in dem Dienst enthaltenen/befindlichen Themen gezoomt werden. Im Kontextmenü des Dienstes wird „Auf Service zoomen“ ausgewählt.
Die Legende des gewählten Dienstes wird in einem neuen Fenster angezeigt. Allerdings wird nur dann eine Legende dargestellt, wenn mindestens ein sichtbar geschaltetes Thema in diesem Dienst enthalten ist.
Das Vorhandensein und die Gestaltung von Legenden für extern eingeladene Dienste (insbesondere WMS) kann sehr unterschiedlich sein, folglich kann eine Legende z.B. ganz fehlen oder unvollständig sein.
Über die Schaltfläche 
kann ebenfalls eine Legende angezeigt werden. Diese Legende enthält alle aktuell geladenen und sichtbaren Themen des Kartenbildes.
Der Nutzer kann die Eigenschaften (Capabilities) des ausgewählten Dienstes (GetCapabilities-Request) abfragen, wobei die Inhalte der Anfrage entsprechend der XML-Struktur angezeigt werden.
Durch Auswahl von „Eigenschaften …“ kann der Anwender außerdem einen Transparenzwert sowie Transparenzfarbe definieren.
Die Transparenz kann über zwei Parameter angepasst werden:
Der Grad der Transparenz kann definiert werden (Prozentwert der Transparenz). Der Wertebereich reicht von 0 bis 99, wobei 0 bedeutet, dass keine Transparenz festlegt wird (opak). Die maximale Transparenz wird mit einem Wert von 99 erreicht.
Die Transparenz gilt für alle Themen in dem gewählten Dienst, d.h. alle enthaltenen Themen werden mit der entsprechend definierten Transparenz dargestellt.
Der Farbwert (Transparenzfarbe) gibt an, welche Farbe transparent (100% durchscheinend) gesetzt werden soll. Die Farbe ist als RGB-Farbwert anzugeben oder aus der Farbpalette zu wählen. Um die Farbpalette zu öffnen, muss die Schaltfläche betätigt werden (siehe Abbildung). Voreingestellt ist weiß (255,255,255) als Transparenzfarbe, dadurch werden alle weißen Flächen des betroffenen Dienstes transparent.
Zu beachten ist, dass nicht alle Dienstarten (z.B. WMS) diese Funktion bereitstellen, weshalb ein Ändern des Wertes bei diesen Diensten keine Änderung des Kartenbildes hervorrufen wird.
Mit Hilfe des Kontextmenüs der Themen können folgende Anpassungen und Funktionen genutzt werden:
Um die Sichtbarkeit von Themen festzulegen, befinden sich vor den Namen Auswahlboxen . Ist das Häkchen in einer Auswahlbox gesetzt, so ist das Thema auf sichtbar gesetzt. Um das Thema im Kartenbild zu visualisieren, muss in der Auswahlbox des übergeordneten Dienstes ebenfalls ein Häkchen gesetzt sein und „Karte aktualisieren“ durchgeführt werden.
Grundsätzlich sind zwei Einschränkungen bei der Sichtbarkeit von Themen vorhanden, weshalb die Namen der Themen unter Umständen rot bzw. grau eingefärbt sind. Ist der Themenname rot dargestellt, so kann das Thema im aktuellen Raumbezugssystem nicht dargestellt werden. Eine Auswahl von Raumbezugssystemen steht im FluGGS zur Verfügung, allerdings können insbesondere bei extern eingeladenen Diensten Einschränkungen auftreten.
Ist ein Themenname „ausgegraut“, so ist das Thema auf Grund von Maßstabsabhängigkeiten nicht sichtbar. Dies bedeutet, dass im aktuell gewählten Maßstab (z.B. 1:25.000) das Thema nicht angezeigt wird, da dieses nur in einem bestimmten Maßstabsbereich (z.B. 1:1.000 bis 1:20.000) sichtbar ist.
Ein Thema kann mit Hilfe dieser Funktionen nach oben bzw. unten verschoben werden. Die Kartenansicht ist zu aktualisieren („Karte aktualisieren“), da eine solche Anpassung die Kartenansicht verändert.
Nach Betätigen des Löschvorgangs wird das Thema aus dem Themenverzeichnis entfernt. Um die Kartenansicht entsprechend anzupassen, muss die Schaltfläche "Karte aktualisieren" betätigt werden.
Diese Funktion zoomt auf die räumliche Ausdehnung eines gewählten Themas. Die Kartenansicht wird automatisch angepasst.
Beschreibende Informationen (sog. Metadaten) über das Thema bzw. die Geodaten können über diese Funktion angezeigt werden.
Die Metadaten-Schaltfläche ist nicht für alle Themen verfügbar, da ein entsprechender Metadatensatz dazu vorliegen muss. Für extern hinzu geladene Dienste bzw. Themen ist diese Funktion nur verfügbar, wenn ein entsprechender Metadatensatz vorliegt!
Sind für ein Thema verschiedene Darstellungsformen (Predefined Styles) definiert bzw. verfügbar, so kann mit Hilfe dieser Funktion zwischen den Styles gewechselt werden. Styles sind vordefinierte Darstellungsregeln für Themen, d.h. der Anwender kann die Darstellung (Farbe, Beschriftung, etc.) der Themen in der Karte ändern.Es ist nur möglich vordefinierte Styles zu verwenden (Predefined Styles).
Karte mit voreingestelltem Style
Es wird ein kleines Fenster geöffnet, welches eine Auswahlliste enthält. Nach der Auswahl ist ein Mausklick auf „Anwenden“ durchzuführen, um die Darstellung anzupassen.
Karte nach Änderung des Styles durch den Anwender
In diesem Beispiel wird die Symbolfarbe sowie die Beschriftung des Punktthemas Veranstaltungen durch den jeweiligen Style in der Karte dargestellt.
Auf diese Weise können einem Thema verschiedene Darstellungen zugeordnet werden. Der Anwender kann die Karte nach seinen Wünschen und Bedürfnissen anpassen.
Hinweis: Da es sich hier um eine WMS-spezifische Funktion handelt, ist diese nur für Dienste des Typs WMS verfügbar. Ebenso bietet nicht jeder WMS Dienst Styles an.
Die Sachdaten zu einem bestimmten Geoobjekt in der Karte werden themen-spezifisch über die Funktion „Feature-Infos abfragen“ abgerufen.
Der Anwender wählt diese Option im Kontextmenü und kann anschließend durch Mausklick auf die Geoobjekte im Kartenbereich Abfragen ausführen. Das Thema wird im Themenverzeichnis um ein Feature-Info-Symbol erweitert.
Die Sachdaten werden in einem Dialog (neues Fenster) angezeigt. Ist kein Geoobjekt durch einen Mausklick getroffen worden, so erfolgt eine entsprechende Meldung.
Sachdaten (Feature-Info) Abfrage
Diese Funktion steht nicht für alle Themen zur Verfügung. Insbesondere bei hinzu geladenen Diensten – speziell WMS-Dienste – ist diese Funktion nicht immer verfügbar.
Alternativ kann das „i-Werkzeug“ 
, welches sich in der Standardwerkzeugleiste befindet, verwendet werden, um die Sachdaten für alle sichtbaren Themen abzufragen.
Sachdaten (Feature-Info) Abfrage: Themenauswahl
Über die Auswahlliste kann die Information des jeweils sichtbaren Themas aufgerufen werden.
Folgende Funktionen sind nur für ESRI ArcIMS-Dienste verfügbar.
Über den Abfragedialog können einfache oder erweiterte Abfragen durchgeführt werden.
Die „einfache Abfrage“ erfordert nur die Eingabe eines Teilbegriffs. Das eingegebene Wort wird als Suchbegriff über die gesamten Sachdatenfelder des gewählten Themas verwendet. Z.B. werden alle Objekte gesucht, die den Begriff „Brunnensiefen“ für das Thema Gewässer in ihren Sachdaten enthalten.
Abfragedialog: einfache Abfrage
Die „erweiterte Abfrage“ setzt sich aus dem Selektionsfeld („Suche in Feld“), dem Operator und dem Wert des Selektionsattributs („nach“) zusammen. Rechts vom Suchfeld befindet sich eine Schaltfläche, um Beispieldaten abzurufen und diese als Selektionsattribut zu übernehmen.
Abfragedialog: erweiterte Abfrage
Je nach Attributtyp werden verschiedene Operatoren angeboten:
Die hier beschriebene Suche nach Objekten mittels erweiterter Suche des Abfragedialogs korrespondiert mit der allgemeinen Suche Funktion.
Neben der Definition einzelner Abfragen ist es möglich, mehrere Abfrage-Kriterien miteinander zu verknüpfen. Um eine zusätzliche Abfrage zu definieren, muss die Schaltfläche „Weitere Abfrage hinzufügen“ betätigt werden.
Abfragedialog: Abfragenparameter definieren
Nach Betätigung der Schaltfläche „Abfrage verknüpfen“ erhält der Anwender eine tabellarische Übersicht der derzeit ausgewählten Abfrageelemente.
Abfragedialog: ausgewählte Abfrageelemente
Der Anwender kann bestehende Elemente bearbeiten oder löschen, weitere Elemente hinzufügen und letztlich die Selektion durchführen. Ist mehr als ein Abfrageelement definiert, so müssen diese mit logischen Operatoren verknüpft werden.
Abfragedialog: definierte Abfrageparameter
Die Auswahlboxen „Alle Treffer in der Karte anzeigen“ und „Auf Treffer zoomen“ können vor der Anfrage „Selektion starten“ ausgewählt werden.
Sind beide Auswahlboxen nicht aktiviert (kein Häkchen), so wird nur die Trefferliste angezeigt. Es können einzelne Elemente selektiert und in den Kartenausschnitt geladen werden, in dem die Nummer des Elements mit einem Mausklick ausgewählt wird (Schaltfläche „Nr.“).
Abfragedialog: Ergebnis einer kombinierten Suche (tabellarische Ausgabe)
Mit Hilfe der Schaltflächen „weitere Treffer“ und „vorherige Treffer“ kann der Anwender durch die Trefferliste navigieren.
Das Aufheben von Selektionen erfolgt mit Hilfe der Schaltfläche „Auswahl aufheben“ in der Werkzeugleiste.
Über der Ergebnistabelle wird die Anzahl der gefundenen Objekte angegeben („Absolute Anzahl von Treffern“).
Ist diese Funktion im Themen-Kontextmenü ausgewählt, so erscheint vor dem selektierten Thema ein „Hyperlink finden“-Symbol. Über diese Funktion können weitere Information zu einem Objekt in der Karte abgerufen werden. Durch Klicken auf ein Objekt wird in einem neuen Browserfenster ein Hyperlink geöffnet. Ein Hyperlink kann folgendes aufrufen:
Sind mehrere Objekte des gewählten Themas mit Hyperlinks im Suchradius, so wird über ein Dialogfeld eine genauere Auswahl ermöglicht.
Die „Hyperlink finden“-Schaltfläche ist nur bei einigen Themen vorhanden.
Ist diese Funktion im Kontextmenü ausgewählt worden, so erscheint vor dem ausgewählten Thema ein „Objekte selektieren“-Symbol.
Der Anwender zieht nun mit gedrückter linker Maustaste ein Rechteck im gewünschten Bereich des Kartenfensters auf. Nach dem Lösen der Maustaste werden für diesen Ausschnitt alle Objekte des Themas ermittelt.
Objektselektion
Objektselektion: Visualisierung der Treffer
Ein Dialog (neues Fenster „ArcIMS Selektion“) wird geöffnet und die Selektionstreffer werden in einer Tabelle angezeigt. Darüber hinaus werden die Elemente in der Karte markiert und farblich (gelb) hervorgehoben. Mittels der Schaltflächen „weitere Treffer“ bzw. und „vorherige Treffer“ kann durch die Selektionsergebnisse navigiert werden.
Objektselektion: Darstellung der Sachdaten der Treffer
Das Aufheben von Selektionen erfolgt mit Hilfe der Schaltfläche „Auswahl aufheben“ in der Werkzeugleiste.